Nagsimula ang nobelang Noli Me Tangere sa isang piging kung saan pinakilala ang ilan sa mga tauhan ng nobela. Natuklasan ni Ibarra sa kaniyang pagbabalik ang inhustiyang naranasan ng kanyang amang si Don Rafael Ibarra. Nabatid ni Ibarra na nakabangga ng kaniyang ama si Padre Damaso, na humiya at nagtiwalag sa matanda. Hindi lamang kapangyarihang pampulitika ang hawak ng nasabing prayle. Ginamit din niya ang kapangyarihan upang akitin ang ina ni Maria Clara na kasintahan ni Ibarra. Isa pang kaaway ni Ibarra si Padre Salvi na muntik nang makapatay sa binata nang pasinayaan ang isang paaralan. Sumiklab ang lahat nang idawit si Ibarra sa isang pag-aaklas na ginatungan ni Padre Salvi. Napiit si Ibarra ngunit iniligtas ni Elias na ang buhay ay iniligtas din ni Ibarra noong nakalipas na panahon. Sa wakas ng nobela, ang lugaming si Ibarra ay nakadama ng madilim na hinaharap.